此时，董卓已经废掉了少帝刘辩，改立陈留王刘协为帝。

废立皇帝之后，董卓将自己升迁为太尉，成为三公之一，掌管全国军事，后又自封郡侯，拜国相，跃居三公之首，掌宰相权。

董卓虽然名为“一人之下，万人之上”的国相，但实际上却远远超越皇帝，享有“赞拜不名、入朝不趋、剑履上殿”等特权。

初到洛阳时，董卓手下虽然也集结了一批心腹亲信，但是，要在庞大的官僚体系中纵横捭阖，单靠这些人是远远不够的。况且当时朝中许多有一定势力和影响的官僚，根本就不服董卓。对此，董卓极力拉拢司徒黄琬，司空杨彪，抬举和扶植已被贬斥的陈蕃、窦武等人，董卓不光全部恢复陈蕃等人以前的爵位，还擢升他们的子孙，以使他们世世代代为己所用。

董卓利用手中特权，重新提升和任用大批党人，如吏部尚书周铋、侍中伍琼、尚书郑泰、长史何颥等人。不仅如此，只要是与以上人员有关的党锢之徒，董卓都把他们拔为列卿，当朝大文豪蔡邕也曾被董卓拉拢和征召。

董卓军进驻洛阳时，曹操也在京城，身为典军校尉的他手中握有一定兵权，董卓在扩充兵力、统收兵权的过程中，也曾想通过诱之以利来吃掉曹操。但曹操识破董卓的阴谋，拒绝与董卓合作，不辞而别，逃离洛阳。

马超以为，会有曹操刺杀董卓未遂的故事，回到洛阳城一问，没这样的事情，是董卓想封曹操为骁骑校尉，明升暗降，借机侵吞他西园典军校尉的兵马，曹操拒绝赴任，抛妻离子，带着夏侯惇、夏侯渊，连夜离开洛阳。

曹操出逃不久，袁术就捎来曹操死在外面的消息，这消息一时间弄得曹府一片混乱，尤其是早先投靠曹操的部下更是觉得没了奔头，都想离开洛阳回老家去这个时候，曹操的妻子卞氏不顾内外之别，对将要散去的部丛进行劝说：“曹君的生死不能光凭几句传言来确定。假如流言是别人编造出来的假话，你们今天因此辞归乡里，明天曹君平安返回，诸位还有什么面目见主人？为避未知之祸便轻率放弃一生名节声誉，值得吗？”众人佩服她，都愿意听从她的安排，随后全都潜行去了陈留，跟曹操回合。

马超知道这个事情后，极为佩服曹操的眼光，这货真会选女人，要知道卞家世操卑贱职业，是以声色谋生的歌者舞伎，曹操能从这里面挑出卞氏这样有智慧的女人，当真是目光独到啊。

废立皇帝后，董卓又对何太后看不顺眼，认为她有碍自己在朝廷上下自由行动和树立威信。于是董卓又大会群臣，向大臣们数落太后所谓的罪行，说她如何如何逼迫婆母永乐皇太后（灵帝刘宏的母亲董太后），以致董太后忧虑而死，这种违背婆媳常理、不讲孝顺礼节的教法，应当受到严厉惩处。之后，董卓便责令何太后迁居永安宫。

不过，董卓并没有马上杀死何太后和少帝刘辩，因为此时没有杀的必要，但很快的，这个必要性就产生了。

因为袁绍、曹操起兵了，他们扬言要攻入洛阳，推翻董卓扶持的刘协伪政权，扶植弘农王刘辨重新登基。

李儒便建议董卓，釜底抽薪，杀了刘辩，让袁绍等人失去起兵的大义。

马超从潜伏在董卓相国府的特战队员那里及时得到消息，不由得暗自庆幸，自己没有去谯县找许褚，赶来的及时，只要保护住刘辩，他马超挟天子以令诸侯的机会就来了。